Biotin-HPDP

Biotin-HPDP est un réactif de biotinylation réactif aux sulfhydryles qui forme une liaison disulfure réversible. Il se compose d'une structure cyclique bicyclique de biotine, d'un 1,6-diaminohexane attaché à la chaîne latérale de la valonate de biotine, et d'un groupe réactif sulfhydryl à l'extrémité de la chaîne latérale. Il est utilisé pour marquer les cystéines des protéines et d'autres substrats contenant des groupes sulfhydryl.

Après l'alkylation par NEM, certaines (mais pas toutes) des résidus de cystéine libres résiduels peuvent réagir avec biotin-HPDP, entraînant la co-isolation de protéines contenant de tels résidus de cystéine.

Une étude cinétique des réactions de modification qui génèrent des liaisons disulfure monothiophosphate avec soit 5'-GMPS seul, soit de l'ARN amorcé par 5'-GMPS comme substrat a révélé que les constantes de vitesse du second ordre augmentaient lorsque le pH diminuait. Par exemple, lorsque le pH de la réaction a été abaissé de 8 à 4, la valeur de k2 pour la réaction de couplage entre N-(6-[biotinamido]hexyl)-3'-(2'-pyridyldithio)propionamide (biotin-HPDP) et GMPS a augmenté de 67 fois, passant de 1,84 à 123 M(-1) x s(-1).

References:
[1]: Bioconjugate Techniques , 2nd ed. By Greg T.Hermanson ?(Pierce Biotechnology, Thermo Fisher Scientific, Rockford, IL). ?Academic Press ?(an imprint of Elsevier): ?London, Amsterdam, Burlington, San Diego . 2008. ISBN 978-0-12-370501-3.
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